Die neuapostolische Gemeinde Heiligenhaus ging aus der Gemeinde Velbert hervor. Vor der Entstehung einer eigenen Gemeinde nahmen die neuapostolischen Christen und Gäste aus Heiligenhaus an den Gottesdiensten in Velbert teil. Die Anfänge einer sich entwickelnden eigenständigen Gemeinde liegen im Jahre 1928.

Noch in den Aufbaujahren fanden die Gottesdienste in gemieteten Räumlichkeiten in Heiligenhaus statt. Aber selbst in diesen Notunterkünften nahm die Gemeinde eine erfreuliche Entwicklung. Die Glaubensgeschwister wurden zunächst von den Seelsorgern der Gemeinde Velbert gepflegt. Nach und nach gingen dann aus der "Missionsgemeinde Heiligenhaus" auch eigene Seelsorger hervor. Besonders zu erwähnen ist Bruder Max Schmidt, der am 28. November 1937 als erster "Heiligenhauser" das Unterdiakonenamt empfing und in dessen Wohnung zur Zeit des Zweiten Weltkrieges Gottesdienste stattfanden. Am 12. Februar des Jahres 1950 wurde der seit 1940 als Evangelist und Vorsteher in Velbert und Heiligenhaus dienende Fritz Busch von der Aufgabe in Heiligenhaus entbunden und der nunmehr im Priesteramt stehende Max Schmidt mit dem Vorsteheramt betraut. Ihren Aufschwung nahm die Gemeinde nach 1948. Zwar konnten sich die Gläubigen ab 1950 in einem zentral gelegenen und räumlich noch hinreichenden Lokal versammeln, doch wurde es auch hier spürbar enger.

Im Jahre 1967 konnte der Grundstein für ein eignes Kirchengebäude an der Wülfrather Straße gelegt werden. Es wurde im Juni 1968 durch Apostel Dicke geweiht. Apostel Dicke hielt auch in der Gemeinde seinen letzten Gottesdienst bevor er in die Ewigkeit ging.

Das 75jährige Bestehen der Gemeinde wurde im Jahre 2003 mit einen festlichen Konzert, Festgottedienste mit Apostel Gunter Homburg und Bischof Wolfgang Schug, sowie einigen besonderen Veranstaltungen mit Glaubensgeschwistern und Gästen gefeiert.

Im Laufe des mittlerweile über 85-jährigen Bestehens wurde die Gemeinde nach den beiden bereits erwähnten Vorstehern von weiteren Vorstehern geleitet. Dies waren Priester Günter Miller, Hirte Günther Hach, Bezirksältester Karl-Heinz Eicker, Hirte Alfred Merkert, Bezirksältester Udo Busch und Hirte Friedhelm Staudt.Am 8. April 2007 setzte Apostel Zeidlewicz den bisherigen Vorsteher der Gemeinde Heiligenhaus, Hirte Staudt, aus Krankheitsgründen in den Ruhestand. Die Ruhesetzung des Hirten fand im Krankenhaus statt, wo er einige Tage später verstarb. Neu als Vorsteher für die Gemeinde beauftragt wurde der Priester René Follmann.

Am 6. November 2022 wurde Evangelist René Follmann zum Bischof für den Apostelbedreich Nordost durch Bezirksapostel Rainer Storck ernannt. Am 14. Dezember 2022 wurde Bischof Follmann von der Vorsteheraufgabe für Heiligenhaus entlastet, um sich der neuen Aufgabe ganz zuwenden zu können.

Die Gemeindeleitung übertrug Apostel Schug dem Bezirksältesten Udo Busch, der schon einmal als Bezirksevangelist von Mai 2003 bis Juli 2004 übergangsweise als Vorsteher in der Gemeinde Heiligenhaus aushalf.

Am 29. November 2023 trat Udo Busch in den Ruhestand und Bezirksapostel Rainer Storck beauftragte Priester Uwe Nussbaum, bis dahin Vorstehervertreter der Gemeinde Velbert-Vest, als neuen Vorsteher für die Gemeinde Heiligenhaus.